一、问题的提出
l 国家审计机关作出审计结果（审计决定、审计报告）是行政行为还是民事行为？对审计机关作出的结果不服应当采取什么方式救济？
l 对于政府承建的工程项目，审计机关（委托的机构）是否应当出具审计报告？
l 审计机关出具的审计报告，是否一定作为建设工程最终决算价的依据？
l 审计机关是否会因为出具审计报告而成为被告？
l 招标文件和签订的施工合同不一致时，该如何处理二者之间的关系？
l 在施工过程中发生的变更，应该签订什么样的法律文件才具备效力？
l 备案合同和实际施工的合同不一致，该如何处理？
l 没有采取招投标方式而签订的合同的情况下，该如何处理？
l 双方在签订施工合同后，又签订补充协议变更了原合同的约定，对此如何处理？
二、国家审计的概述、主体、职责、性质
1、审计法律制度分类：国家审计法律制度、内部审计法律制度、社会审计法律制度。
国家审计法律制度是国家审计机关对国家财政收支进行审计监督以及代表国家主管全国审计工作而形成的法律制度。
内部审计法律制度是单位内部审计机构对本单位及其下属单位的财务收支及其经济效益进行内部审计监督而形成的法律制度。内部审计主要是为本单位的内部监督管理服务的。
社会审计法律制度是社会审计机构接受委托人委托进行审计查证和其他咨询服务而形成的法律制度。社会审计主要是为委托人和其他社会公众服务的，比如我们平常所说的司法鉴定。
审计法属于国家审计法律制度层面的法律制度。本文讨论的审计，主要是针对国家审计法律制度而言。
2、国家审计的行为主体。
根据审计法第二条规定，国家审计的主体是各级审计机关，其他任何机关都没有国家审计的职权。
3、国家审计的审计内容（审计机关的职责）
对国家财政收支的审计监督，对国有企业、国有金融机构、国家事业组织、国家建设项目以及社会保障基金、社会捐赠资金、国际组织和外国政府援款、贷款项目资金、国家建设项目预算的执行情况和决算等的审计工作。
4、国家审计的法律性质分析。
由于国家审计是由审计行政机关针对被审计单位的审计事项进行的行政审计监督，故而其审计行为应属于具体行政行为。审计决定既为具体行政行为，那么审计机关就有可能成为行政诉讼、行政复议的被告。这也充分体现了行政法权责统一原则的基本法律精神。
根据审计法、审计条例的规定，对于审计决定可以申请裁决、申请行政复议、提起行政诉讼。
三、政府建设工程的决算与审计监督。
根据审计法及审计法实施条例的规定，审计机关应对政府建设工程进行审计监督。审计机关行使审计监督，对政府建设工程所作出的审计报告，是否必然作为政府建设工程的决算结果的依据呢？
对于政府建设工程，政府和施工单位之间的争议的主要表现在施工单位对审计机关委托的专业审计机构的审计报告结果不信服，就此处审计报告在政府与施工单位之间的合同争议中是否可以作为定案的依据？笔者认为：
1、政府（政府部门）签订的建设工程施工合同，调整的是平等主体之间的民事法律关系。
首先，《政府采购法》明确规定，对于建设工程适用《招投标法》。
其次，《合同法》分则中明确规定了有名合同“建设工程施工合同”，并作为专门的一节来规定，故而，即便是政府出面签订的建设工程施工合同，也可以适用《合同法》的相关规定，意即把政府签订和履行建设工程施工合同的行为归属于民事法律关系范畴，对于其纠纷的解决当然能够适用民事法律。
基于上述分析，对于政府建设工程，也需根据招投标法规定进行招投标，并且签订建设工程施工合同。在此一关系中，政府与签订建设工程施工合同的相对方（施工单位）之间在法律地位上是平等的，故应根据合同法、民法通则、招投标法等法律的规定，适用民事法律规范进行调整。
而对于民事法律关系，根据合同法的基本精神，尊重当事人的意思自治，即尊重双方在合同中的约定 ，进行造价决算，
2、审计机关与被审计人之间的法律关系是行政主体与行政相对人之间监督与被监督的行政法律关系，受行政法的调整。
审计机关的审计监督应当根据审计法及相关财税法律规定进行审计，制作审计报告，其行为结果约束的是被审计单位（建设工程施工合同的建设方或业主），故而审计报告并不能对建设工程施工合同的施工方产生约束力。
最高人民法院《全国民事审判工作会议精神》第三条第一款第四项专门对审计机关的审计报告效力进行了规定，即“除合同另有约定，当事人请求以审计机关作出的审计报告、财政评审机构作出的评审结论作为工程价款结论依据的，一般不予支持。”
3、审计机关审计报告在政府建设工程决算中的作用。
（1）在招标文件和建设工程施工合同中明确约定以审计机关的审计报告为工程结算依据。
既然在双方的施工合同和招标文件中明确约定了以审计机关的审计报告为结算依据，根据民事的意思自治原则，该约定并未违反法律的强制性规定，应属有效。那么双方就应按照该约定进行工程决算。
案例一
晟隆公司与上海场道公司、上海城建签订的总包合同，以及上海场道公司与盐城市政公司签订的分包合同。分包合同约定：“分包合同价款见《议标文件》”。而《议标文件》又约定该分包工程的议价方式为“海门城投公司、晟隆公司批准的、经审计部门审定的工程造价（不下浮12%的前提下）下浮22%，税收由总包方办理代扣代缴”，“项目竣工验收合格并经海门市政府审计部门审定后付至决算价格的95%，保修期结束后全部付清”。海门城投公司没有取得建设工程规划许可证。涉案工程已经经过竣工验收。根据海门市审计局审定的价款，涉案工程款为45028838元。但是海门城投公司对该结果不认可，认为应以其自己的结算报告为准。
法院裁判观点：
《中华人民共和国城乡规划法》第四十条第一款的规定，对于案涉工程，应当申请办理建设工程规划许可证。因海门城投公司没有取得建设工程规划许可证，故总包和分包合同均应认定为无效。
虽然上述总包合同和分包合同无效，但依据本院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条的规定，因案涉工程已经竣工验收，故应参照合同约定结算并支付工程款。上海场道公司与盐城市政公司签订的《建设工程专业分包合同》约定，“分包合同价款见《议标文件》”。而《议标文件》又约定该分包工程的议价方式为“海门城投公司、晟隆公司批准的、经审计部门审定的工程造价（不下浮12%的前提下）下浮22%，税收由总包方办理代扣代缴”……。因此，盐城市政公司分包工程的最终结算价，应为海门市审计局审定的价款下浮22%、再扣除盐城市政公司应负担的税费后的价款。
2、在招标文件和建设工程施工合同中没有约定以审计机关的审计报告工程结算的依据或约定不明确等情况下，一般参照双方当事人在合同中的约定。
审计署关于印发《政府投资项目审计管理办法》的通知［审投发（2006）11号］第六条规定“政府重大投资项目应当在相关合同中列明：必须经审计机关审计后方可办理工程结算或竣工决算。”带来一个问题是，如果双方没有作出相应的约定，是否导致合同无效？
由于该通知仅为审计署作出，仅属于部门规章，并不属于合同法第52条规定的“违反法律、行政法规强制性规定”中指的法律或行政法规，所以，即便双方在合同中没有作出以审计机关审计报告为决算依据的约定，也并不违反合同法第52条规定，也应属于有效约定。
在这种情形下，由于双方没有明确约定以审计报告决算依据或没有明确约定以国家审计报告为决算依据，则应属于合同中没有相关约定，故而如果施工方不同意，则审计报告不能作为决算的依据。
案例二：案情简介：重庆金凯实业股份有限公司(以下简称金凯公司)作为重庆市北部新区经开园金山大道西延段建设项目业主单位和监管单位，与重庆建工集团签订《金山大道西延段道路工程建设工程施工合同》，将金山大道西延段道路工程发包给重庆建工集团承包。在《金山大道西延段道路工程工程造价计价原则》中，双方对未定价的材料、立交桥专用材料、路灯未计价材料价格的确定方式约定为“金凯公司、经开区监审局审定后纳入工程结算”。中铁十九局经金凯公司确认为岚峰隧道工程分包商，并于2003年11月17日与重庆建工集团签订《单项工程项目承包合同》(以下简称分包合同)，主要约定，重庆建工集团将金山大道西延段岚峰隧道工程分包给中铁十九局，合同价暂定80000000元(最终结算价按照业主审计为准)；第6条资金管理6．2约定：工程竣工经综合验收合格，结算经审计部门审核确定后，扣除工程保修金，剩余工程尾款的支付，双方另行签订补充协议明确；合同对工程内容、承包结算等内容进行了具体约定。
之后，重庆市经开区监察审计局(以下简称经开区监审局)委托重庆西恒招标代理公司(以下简称西恒公司)对上述工程进行竣工结算审核。2006年8月10日，西恒公司出具《基本建设工程结算审核报告》一份。业主方对该结果也予以认可，并基于此签订了结算协议一份。
2008年10月9日至11月21日，重庆市审计局以土储中心为被审计单位，对金渝大道(原金山大道)道路工程竣工决算进行审计，并出具渝审报[2008]142号审计报告，审定土储中心应核减该工程竣工结算价款15481440．93元，其中本案所涉的岚峰隧道工程在送审金额114252795．85元的基础上审减8168328．52元。同年12月24日，重庆市审计局以《关于北部新区经开园金渝大道道路工程竣工决算的审计决定》(渝审决[2008]111号)，责令土储中心核减该工程结算价款15481440．93元，调整有关账目，并要求土储中心在2009年3月20日前执行完毕。
2009年2月9日，土储中心向重庆建工集团发出《关于执行重庆市审计局对金渝大道(原金山大道)工程竣工决算审计决定的函》(渝新土储函[2009]5号)，要求其按照重庆市审计局复议结果，将审减金额在3月1日前退还土储中心。重庆建工集团已经扣还了部分款项。
本案的争议焦点：
主要是案涉工程结算依据的认定。
生效判决裁判观点
根据审计法的规定及其立法宗旨，法律规定审计机关对政府投资和以政府投资为主的建设项目的预算执行情况和决算进行审计监督，目的在于维护国家财政经济秩序，提高财政资金使用效益，防止建设项目中出现违规行为。重庆建工集团与中铁十九局之间关于案涉工程款的结算，属于平等民事主体之间的民事法律关系。因此，本案诉争工程款的结算，与法律规定的国家审计的主体、范围、效力等，属于不同性质的法律关系问题，即无论案涉工程是否依法须经国家审计机关审计，均不能认为，国家审计机关的审计结论，可以成为确定本案双方当事人之间结算的当然依据，对案涉工程的结算依据问题，应当按照双方当事人的约定与履行等情况确定。
分包合同中对合同最终结算价约定按照业主审计为准，系因该合同属于分包合同，其工程量与工程款的最终确定，需依赖合同之外的第三人即业主的最终确认。因此，对该约定的理解，应解释为工程最终结算价须通过专业的审查途径或方式，确定结算工程款的真实合理性，该结果须经业主认可，而不应解释为须在业主接受国家审计机关审计后，依据审计结果进行结算。根据审计法的规定，国家审计机关的审计系对工程建设单位的一种行政监督行为，审计人与被审计人之间因国家审计发生的法律关系与本案当事人之间的民事法律关系性质不同。因此，在民事合同中，当事人对接受行政审计作为确定民事法律关系依据的约定，应当具体明确，而不能通过解释推定的方式，认为合同签订时，当事人已经同意接受国家机关的审计行为对民事法律关系的介入。
该案例实际上除了指明在是否以审计机关审计报告为竣工决算依据的约定不明的情况下，不能推定以审计报告为准之外，还提出了对于施工合同，即便合同无效，如果工程竣工验收，还是应以该无效的合同的约定为结算依据的观点。
案例三：2009年6、7月份，金洲投资公司作为业主和招标人对金乡县开发区建设西路工程进行公开招标，北京二建公司作为投标人参加竞标。2009年7月15曰，北京二建公司中标，中标价为25500000元，金洲投资公司向北京二建公司发放了《中标通知书》。中标通知书明确：“招标单位为金乡经济开发区金洲投资有限公司；审核单位为金乡县经济开发区规划局。”此后，北京二建公司作为承包人，金洲投资公司作为发包人，金乡管委会作为担保方签订了《山东金乡经济开发区道路施工合同》。合同第四条对工程价款约定的内容为：……2、设计变更所增加的费用，按照现行的山东省消耗定额、2009年正在施行的价目表及其配套的文件经过审核按实结算。……。设计变更及工程量清单以外的工程费用，按实际发生工程量结算，从审核起两周内办理完竣工结算，5日内支付工程款的80％，剩余部分自该分项工程结算之日起2个月内付清。
北京二建公司施工的金乡经济开发区建设西路工程于2009年11月30日竣工。
2010年1月16目，施工单位北京二建公司编制《金乡经济开发区建设西路工程结算书》，该结算书记载建设西路总造价为33865761.94元。金洲投资公司提交了金乡县审计局委托的济宁经纬工程造价咨询有限公司出具的山东金乡经济开发区建设西路工程结算审核报告，该审核报告记载：“施工合同书与中标通知书不符，以招标文、投标文件及中标通知书为准进行审计”，审定工程造价为23318707.38元。对该审核报告，北京二建公司认为未经其同意委托，不予认可。在本案审理过程中，法院根据北京二建公司的申请，委托济宁明信工程管理有限公司对北京二建公司施工的金洲投资公司发包的金乡经济开发区建设西路一标段工程进行工程造价鉴定。
本案的争议焦点：
一、北京二建公司与被告所签订的《山东金乡经济开发区道路施工合同》效力问题。
二、北京二建公司所施工工程的价款是多少，金洲投资公司是否应承担偿还工程款的责任。
法院裁判观点：
按照《全国民事审判工作会议精神》第三条第一款第四项之规定，即“除合同另有约定，当事人请求以审计机关作出的审计报告、财政评审机构作出的评审结论作为工程价款结论依据的，一般不予支持。”故对被告提出的工程价款以审计机关委托的济宁经纬会计师事务所出具审核结论作为依据的主张，不予支持。
即使涉案《山东金乡经济开发区道路施工合同》无效，根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》（以下简称《解释》）第二条“建设工程施工合同无效，但建设工程竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持”之规定，金洲投资公司亦负有支付合同对价的义务。
思考：既然法律明确规定了建设工程施工合同应重约定，审计机关的审计报告并不必然作为竣工结算的依据。那么，如果建设招标单位在招标文件及后续签订的建设工程施工合同中明确载明“以审计机关的审计报告作为竣工结算的依据”，则在此约定下，审计机关对建设单位的建设资金的审计监督将会达到预期的效果。否则，虽然审计机关可以对建设单位的建设资金进行审计监督，但是仍无法避免审计监督结果在建设工程的结算中不被双方遵守的尴尬局面。
四、政府建设工程审计中可能遇见的法律问题
1、关于合同效力问题及处理思路（主要针对合同无效）。
《解释》第二条规定：“建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持”。这是对建设工程施工合同无效情况下的处理原则的概括规定。
常见政府建设工程施工合同无效的情形主要有以下几种情形：
（1）没有经过招投标而签订的建设工程施工合同。
对于此种情形，根据招投标法、《解释》及合同法第52条规定，对于此种情形，由于违反了法律的强制性规定，应属无效合同。按照《解释》第二条规定处理。
（2）虽然经过招投标，但是签订的合同与招投标文件内容存在实质性变更。
招投标法第四十六条规定：“招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议”。第五十九条规定：“招标人与中标人不按照招标文件和中标人的投标文件订立合同的，或者招标人、中标人订立背离合同实质性内容的协议的，责令改正；可以处中标项目金额千分之五以上千分之十以下的罚款。”以上规定表明， 施工合同的内容不得背离招标文件的实质性条款，否则就触犯了招标投标法的强制性规定，成为无效条款或无效合同。
什么是合同的实质性条款？合同法第30条规定：“……有关合同标的、数量、质量、价款或者报酬、履行期限、履行地点和方式、违约责任和解决争议方法等等变更，是对要约内容的实质性变更。”
在这种情形下，该以哪个文件作为决算的依据呢？对于此种情形该如何解决，司法解释并没有作出明确的规定。有观点认为，认为这种情形下，应当按照招投标文件的记载处理，因为招标文件是要约邀请，投标文件是邀约，中标通知书是承诺。故而应以招标文件、投标文件和中标通知书作为结算工程价款的依据。因为上述招投标法实际上是为了让建设工程能够被公平公正地发包出去，既然按照招投标法规定进行了招投标，施工方通过招投标方式公平公正取得工程承建权，那么理应按照招投标文件的规定约定合同内容，而不得再做实质性的变更。否则，显然背离了招投标法的立法本意。
另外，司法解释解决了“黑白合同”问题，我们客观分析一下其逻辑，从最高法的角度讲，白合同（备案）合同是根据招投标文件中标后签订的必须备案的合同，应为没有对招投标文件作出实质性变更（内容等同于招投标文件）。而“黑合同”则是对“白合同”（备案）作出了实质性变更，所以认定“黑合同”无效。从这个角度分析，招投标文件作为判断合同实质性内容是较合理的。
（3）必须招投标的工程项目，因串标、围标等原因导致中标无效的，所签订的施工合同也无效。建设工程施工合同发生纠纷，按照无效合同处理。
（4）上述合同备案后，双方又签订了与备案合同实质性内容不同的施工合同或者补充协议的，前后两份合同均无效，应当按照实际履行的合同进行结算。
因为中标无效，前合同无效。因为工程项目为必须招投标的项目，后合同没有招投标也无效。
（5）必须招投标的工程项目，没有经过招投标就签订了施工合同，有的承包人已经进场施工，因无法办理施工许可证和开工证，又补办了招投标手续，仍然以前一个合同的承包人中标，签订了施工合同，进行备案的，前、后两份合同均无效。应当按照实际履行的前合同进行结算。
易知，前合同因没有办理招投标无效，但是前合同系当事人真实的意思表示，是实际履行的合同，后合同因招标人与投标人串标中标无效，导致备案合同无效。并且，后合同仅仅是为了通过备案，不是真实的意思表示，也不是为了实际履行。
（6）建设工程施工项目不是必须进行招投标的项目，招标人按《招投标法》规定的程序进行了招投标，又出现中标无效情形的，签订的合同即使进行了备案，也因违反《招投标法》的强制规定而导致合同无效，建设工程纠纷应当按照无效合同进行处理。
承发包双方在上述备案合同之外又签订与备案合同不一致的合同或补充协议的，该合同或补充协议是双方真实意思表示，应为有效合同，双方应以后合同或补充协议作为结算工程价款的依据。
（7）不是必须进行招投标的工程项目，双方没有进行招投标程序，不适用“司法解释”第21条的规定。承发包双方先后签订了两份以上的施工合同，后合同视为对前合同的变更，内容不一致的，应当以后合同为准结算工程款。
（8）招标人和投标人依法进行了招投标，在中标后双方未签订书面合同，应以招投标文件作为结算工程价款的依据。
2、对涉及合同效力问题的审计建议。
对于上述可能出现的情形，也应是审计机关重点审计监督的地方。如果审计机关在源头上严格监督，则可以避免上述许多情况下的合同无效情形的出现。
《招投标法》第七条第二款：有关行政监督部门依法对招标投标活动实施监督，依法查处招标投标活动中的违法行为。
第十二条第三款：依法必须进行招标的项目，招标人自行办理招标事宜的，应当向有关行政监督部门备案。
第四十七条：依法必须进行招标的项目，招标人应当自确定中标人之日起十五日内，向有关行政监督部门提交招标投标情况的书面报告。
案例四：2007年6月19日，满洲里市外交会馆领区基本建设办公室（以下简称外交会馆基建办）、天宇公司及大龙公司就“外交会馆3#馆装饰装修工程”事宜，由大龙公司引荐天宇公司参加该项目的投标。如果中标，由天宇公司施工。为圆满完成施工任务，三方达成如下协议：……（3）工程完工，工程决算审计后，外交会馆基建办应向天宇公司支付至总价款的95%；……。施工期间，外交会馆基建办于2008年6月20日下发“根据市委、市政府有关指示精神，从即日起3号馆各个工种所有施工单位全面停止施工并按现场实际结算工程量，同时各施工单位负责看护各自施工的现场及进场材料的完好性”的《通知》，天宇公司依据该《通知》停工，到目前为止本案所涉工程没有复工。
2011年8月18日，建设单位满洲里市人民政府对本案所涉工程进行了审价，工程造价为72420216元，且认可天宇公司代垫设计费366万元。
该工程停工后，天宇公司给624名劳务人员发放遣散费4241400元。同时雇佣10名人员对工地及材料进行看护，从2008年7月至2011年12月共发放工资1344400元。为了存放材料租用仓库，发生租赁费56850元。天宇公司从停工至现在为了协商此事，共支出差旅费和招待费用509828.31元。该部分事实，满洲里市人民政府对天宇公司提供的证据不予认可。
法院裁判观点：
本案天宇公司承包的工程属于政府项目，依据《中华人民共和国招投标法》（以下简称《招投标法》）及相关法律的规定，应当进行招投标，但本案没有招投标，违反法律规定，所签合同应依法确认无效。虽然本案所涉合同是因未进行招投标而导致的无效，但天宇公司依据合同约定进场施工开始履行合同约定义务，天宇公司依照满洲里市人民政府于2008年6月20日下发的《停工通知》，停止了施工行为，并对善后事宜进行了相应的处理，现提起诉讼要求保护其权利的请求权应得到法律的保护。本案属未完工工程，《协议书》因未依法履行招投标程序被确认无效，并不当然导致相关责任承担的内容无效，满洲里市人民政府应按审计确认的已完工程及库存材料造价数额，向天宇公司履行支付；大龙公司作为合同之债三方关系的一方，应向天宇公司承担连带清偿责任。
本案工程没有进行招投标致使双方所签合同无效，天宇公司追究满洲里市人民政府违约金的诉讼请求没有前提条件，不予支持。但由于在合同履行过程中，满洲里市人民政府单方停止施工，应对天宇公司发生的实际损失承担赔偿责任。本案所涉工程停工后，天宇公司对624名劳务人员进行了遣散，发放了遣散费4241400元；对施工现场留守，给留守人员发放工资1344000元；对库存材料存放发生租赁费56850元，均由满洲里市人民政府予以赔偿。天宇公司主张由于停工后，满洲里市人民政府没有及时处理善后事宜，经常去满洲里市与满洲里市人民政府协商发生差旅费及其他费用509828.31元，该费用中只对差旅费349222.09元予以赔偿，其余费用不予赔偿。
2、审计机关是否应当及时出具审计报告及可能产生的法律后果。
很多审计机关都存在这样的担心，那就是在双方存在争议的情况下，其作出审计报告如果对方不认可，是否要承担一定的法律责任。所以通常的做法就是：在出具审计报告之前，要求合同双方均予以确认，认可其审计报告草案，否则不出具正式的审计报告。对于审计机关的上述做法，是否合适，即审计机关是否应在双方均认可的情况下，才出具审计报告？
在工程结算中，一般先由承包人提交竣工结算报告，由发包人审核。对于政府建设工程，在工程决算时，建设方一般由审计机关委托的审计机构来进行工程决算审计。
这就带来一个问题，那就是在施工方提交工程竣工决算资料后，要由审计机关委托的审计机构对工程竣工决算资料进行审计，并出具审计报告。
在审计报告双方都认可的情况下，审计机关会出具正式的审计报告，这不是此处所要讨论的问题。此处主要讨论的问题是，如果施工方对审计结果不服，不愿意签字确认审计报告，审计机关是否仍要及时出具审计报告呢？笔者以为仍应及时作出审计报告，而不论施工方是否确认该报告。
（1）如果不及时审计可能导致发包人收到承包人提交的工程结算文件后迟迟不予答复或者根本不予答复，致使承包人按照合同约定，以其提交的竣工决算书为依据主张工程款。建设部发布的《建筑工程施工发包与承包计价管理办法》第16条规定，发包人应当在收到竣工结算文件后的约定期限内予以答复。逾期未答复的，竣工结算文件视为已被认可。合同对答复期限没有明确约定的，可认为约定期限均为28天。
《解释》第20条明确规定，当事人约定，发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算文件的，按照约定处理。承包人请求按照竣工结算文件结算工程价款的，应予支持，体现了充分尊重合同当事人约定的原则。
特别提醒，对于政府建设工程而言，如果双方在合同中明确约定了“发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算文件的，按照约定处理”，那么在此情形之下若审计机关没有及时作出审计报告，则施工方将可以直接根据其提交的决算报告主张工程款，而法院也会支持其诉讼请求，这样审计机关也就因此存在渎职的问题。所以审计机关应非常注意合同中的约定，并及时出具审计报告，不论施工方是否签字确认。
（2）《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第二十三条规定：“当事人对部分案件事实有争议的，仅对有争议的事实进行鉴定，但争议事实范围不能确定，或者双方当事人请求对全部事实鉴定的除外”。
故而即便双方合同中没有约定审计的期限，在审计机关没有审计报告的情况下，施工方不能直接按其竣工决算书主张工程款，但是因为所涉工程全案均无法确定工程造价，故而施工方一般会就全案提出鉴定申请，不论建设方是否仅对部分工程造价存在争议。这就带来两个问题，一个是一般而言，司法鉴定结果都会比审计机关的审计结果高，另一个是会因此而增加大额的鉴定费用，以及因为没有及时审计，没有及时付款而带来的延期付款的违约责任。而这些将来都会由建设单位承担，造成国家资金的浪费，这也与审计法的初衷相悖。
而如果审计机关及时出具审计报告，虽然施工单位可能对其中部分工程造价不服，但在审判过程中，裁判机构会将双方没有争议的部分予以区分，仅就有争议部分的工程进行司法鉴定，这样自然可以节约鉴定费用。
（3）假定施工单位对审计报告结果不服，则他们会就建设工程施工合同纠纷提出民事诉讼或仲裁，在这种诉讼案件中，建设方是合同的相对方，是被告。审计机关因不是合同相对方，故而在民事案件中，不会作为被告被起诉。另外，审计机关作出的审计报告因没有作为最终的定案依据，故而不论建设方还是施工方，也不会就审计报告，将审计机关作为被告提起其他诉讼。
（4）产生延期支付工程款的利息损失。
《解释》第十八条规定利息从应付工程价款之日计付。当事人对付款时间没有约定或者约定不明的，下列时间视为应付款时间：
（一） 建设工程已实际交付的，为交付之日；
（二） 建设工程没有交付的，为提交竣工结算文件之日；
（三） 建设工程未交付，工程价款也未结算的，为当事人起诉之日。
例如，某市水利局和某水利公司的建设工程施工合同纠纷案件。在工程竣工验收后，某, 水利公司提交了工程竣工决算报告给水利局。水利局将竣工结算报告提交审计局审计，审计局因其委托的审计报告无法得到安徽水利公司的认可和确认，故而一直没有出具正式的审计报告。实际上安徽水利公司仅对其中的运距补偿、浑水管保护、生态岛填筑等少数几个工程项目的审计结果不服，对绝大部分的工程审计结果是认可的。双方在合同中没有明确约定建设方应当出具审核结果的时间。
某水利公司因此根据合同约定，申请商事仲裁，要求按照其提交的决算书的金额支付工程款，并且赔偿其因为延期付款的违约责任（利息损失）。
在商事仲裁程序中，双方一致明确了争议的事项，以及没有争议部分的工程。仲裁庭要求水利局出具审计报告。但是由于审计局一直没有出具审计报告，所以水利局在仲裁程序中，无法提供审计报告。最终仲裁庭同意某水利公司的申请，就全部工程（包括没有争议和有争议的。虽然双方明确了没有争议的工程范围，但是因为某水利公司的结算书中所载明的没有争议部分的工程造价比某市水利局所核减后的相应部分工程造价存在差异，而水利局又不能出具正式的审计报告，所以仲裁庭无法对没有争议部分的工程造价进行确认）进行司法鉴定。最终鉴定结果为，对于没有争议部分工程，其结果比审计结果增加了70余万元。且因系就对全部工程进行司法鉴定，所以产生的鉴定费用高达21万余元。最终仲裁庭在根据综合考虑本案实际和各方的意见的基础上，作出了相应仲裁裁决。裁决的结果虽因合同没有相应约定而没有采纳某水利公司关于以其提交的决算书为准的诉求，但是支持了某水利公司关于延期付款利息的主张（根据初步计算，该部分利息损失约为150余万元），而对于没有争议部分则按照司法鉴定结果支持了某水利公司（水利局因此要多支出70万元），鉴定费也由水利局承担（水利局又因此多支付十余万元的鉴定费）。
另外虽然我们主张工程尚未结算，所以要求支付工程款延期支付利息没有依据，但是最终仲裁裁决根据最高院司法解释以及合同的约定，裁决应从工程交付之日起计算利息。因此，导致水利局多付100余万元的利息损失。
（5）审计机关可能会因为没有在规定时间内作出审计报告而成为行政诉讼的被告，诉讼的诉求就是确认审计机关行政不作为。当然一般建设单位不会起诉的，但是作为施工单位，他们为了尽早取得工程款，则有可能因为审计机关不出审计报告而诉讼（尤其是在双方约定以审计报告作为决算依据的情况下）。
3、工程签证和工程变更。
对于一般建设工程而言，工程量变更一般以工程签证单或者补充协议约定为准。
对于补充协议的形式而言，因其一般会由双方在协议上加盖公章，并由工程负责人签字，一般不会有太大争议。
在建设工程施工合同纠纷案件中，一个争议较大的问题上是关于工程签证单的。
在民事诉讼案件中，签证单是作为判断工程量增加情况的重要依据。
对于工程签证单，其有效的要件一般是施工方提出申请（一般会加盖施工方的公章或者项目部章，也可以是施工方的现场负责人签字）、监理方的确认（一般是监理方加盖公章或者监理工程师签字确认）、建设单位的确认（一般是建设单位加盖公章或者建设方的现场工程师签字）。如果三方都签字（盖章）则该签证单会作为有效证据被法院依法采信，也会成为确定鉴定过程造价的重要依据。
此外，如果建设方没有确认，但是监理方予以了确认，一般法院也会认定签证单的效力。如果只有施工单位的申请，但是监理和建设单位均未确认，法院则往往不会认可签证单的效力。
但是在政府建设工程中，是否也存在上述规律呢？
因为根据相关政府文件规定，对于超过工程总价的5%的工程量变更，需要进行合同备案。那么没有备案的补充协议或者签证单是否具有法律效力，颇多争议。
从法理分析，建设工程施工合同所约束的是平等民事主体之间的合同法律关系，既然是合同，就要遵循意思自治和诚实守信的基本原则，就要按照合同约定办理。由于在工程施工过程中，难免会发生一些工程变更，故而会产生签证单等资料。在工程施工过程中所产生的签证单或者补充协议也属于合同的性质。故而如果签证单和补充协议只要是双方真实意思表示，且没有违反法律、行政法规的强制性禁止规范，就应当认定其效力。
而合同备案是国家机关进行政府采购行为的一种监督和管理。并不能因为签证单或补充协议没有经过备案（超过合同总价的5%的）就否认合同的效力。
还是以上述某市水利局与某水利公司的建设工程施工合同拒付案件为例。在该起案件中，由于安徽水利公司的工程属于2标，因其进度跟不上，所以双方议定将其一部分工程交由1标的施工方施工，并调整了合同的计价方式，该补充协议并没有进行备案。由于这是在工程施工中实际发生的客观事实，并非双方故意做出与备案合同不一致的“黑合同”，所以并不能认定该合同无效，仲裁委最终也确认了该补充协议的效力。
而在工程施工中产生了一系列的签证单，有的签证单没有业主方和监理方的确认，仲裁庭没有认可其效力。但对于其他的签证单因双方均无异议，故而仲裁庭认可了其效力。
4、对于工程漏项的处理。
如果在施工中，发现确实存在原来招标文件中漏项的情形，一般裁判机构都会裁定调整相应工程造价。
举例说明：
其一，某上市公司与浙江某建筑公司建筑工程施工合同纠纷案件。对于其中有一个钢结构天沟项目，某上市公司认为在招标图纸中已经体现，且在答疑的时候也予以了明确，所以不属于工程漏项。但是某建筑公司认为这属于工程漏项，在招标文件的工程量清单中并没有该部分内容。所以其投标文件没有对该部分项目作出响应，故而该部分属于工程漏项，应当相应调整工程造价。最终法院支持了某建筑公司的主张，认定该部分工程款应计入工程总造价中。
其二，对于上述某市水利局与某水利公司建设工程施工合同纠纷案件中，对于其中一项浑水管保护项目分项工程。浑水管分项工程在本案招投标之前已经进行施工，现场确实存在混水管铺设，且投标单位对施工现场均进行了踏勘。但是招标文件中并没有浑水管保护的工程清单。而在施工过程中，建设方向施工方发出浑水管保护的通知。施工方在施工中提出了混水管保护的相应施工方案，并按施工方案进行了施工，之后施工方提出相应索赔要求，某市水利局认为这不属于工程漏项，双方因此而产生争议。最终仲裁庭认为这确属于工程漏项，并根据司法鉴定结果支持了施工方的主张。
作者：张玉华
指导老师：顾秦华 吴琪云
